一体化微生物限度仪在操作时候的相关注意事项如下：
按微生物限度仪检查要求，无菌室应由无菌操作间和两个缓冲间组成，操作间与缓冲间之间应有样品传递箱，操作间和缓冲间的门不应直对，每个无菌室应有独立的空气净化系统；环境洁净度不应 低于10000级，其操作点或净化作业台的净化级别应到达100级。 笔者曾发现，在净化作业台发动的情况下，有3批同一样品在验证实验中回收率重现性差，后经分析发现是净化作业台不合格形成的。因而，应加强无菌室的清洁、维护和保养作业，定期检测元菌操作台及净化作业台的洁净度，对不合格者应及时处理。
操作差错
操作不熟练，实验环节控制不严格，或实验操作不行严谨，均会给实验结果带来很大影响。如放供试液或菌液入皿时每1 mL未放尽；所加菌液计数不准 确；在验证细菌、霉茵及酵母菌计数 办法时，样品及菌液注皿后未当即倾泻培养基，因为样品的活性作用形成前面的平皿与后面的平皿的细菌差错大。
因而，在操作中， 微生物限度仪所取制备菌液的单位体积菌数比规范规则的要稍高些，以削减加在样品中的菌液体积。应将0.4-0.6mL菌液加在平皿中部，避免其活动，然后当即加入培养基，有两人操作，以削减皿与皿间的实验菌数差错。
培养基灵敏度下降
为了方便，很多单位在实验中都使用干粉培养基，但干粉培养基极易吸潮，寄存不当会出现凝块，使凝固性变差，所以，要注意干粉培养基的储存和保管。用电炉直火加热熔化培养基或将剩余的 培养基冷藏后再熔化使用，均很简单损坏培养基中的营养成分，并直接影响菌回收率。
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