药物和生物制剂的微生物质量，集菌仪关于其效果和患者安全性是必要的，药物的微生物污染会在发病率和死亡率方面对患者健康形成不利影响，以及长期的不良反应，如癌症，自身免疫和其他疾病，另外微生物能够改动药物的化学和药理学，因为活性成分的分化，以及因为潜在降解产物的毒性而导致的安全性，可能对其有效性发生不利影响，操控药物中的微生物至关重要，经过集菌仪微生物检测将微生物生物负载操控到恰当水平，关于无菌药物，微生物经过灭菌来消除，经过无菌药物的无菌检测确保不存在细菌，酵母和真菌污染物。
微生物检测在确保药物的质量方面发挥着重要作用，独自的检测不能供给对微生物的操控，另外微生物检测的靠谱性取决于选择合适预期目的的恰当办法，以及在恰当的制作阶段取得满足数量的样品，为了确保产品中不含微生物，需要对整个产品进行集菌仪无菌检测。
经过了解支持微生物成长的污染源，环境条件和产品属性，需要在药物中树立微生物质量，经过选用强壮的环境监测计划，在各个阶段进行恰当的微生物检测，来确保无菌药物的微生物质量，在选用无菌药物的常规制作过程中，集菌仪是展示设施操控状况的重要组成部分，供给有关制作和检测环境微生物质量的信息，这是集菌仪无菌药物无菌确保的重要因素。
药物和生物制剂的微生物质量对其安全性和有效性至关重要，但生物制剂，尤其是疫苗，在实现微生物质量方面面临着杂乱的应战，许多生物制剂是在胚胎卵，动物来源的细胞中制成的，其可含有固有的外来因子并支持微生物污染物的成长，能够由致病或减毒细菌或病毒组成，这些细菌或病毒对操作者，环境和产品构成风险，所有生物制品必须在批量阶段或更早阶段进行集菌仪无菌测验，在无菌测验过程后无菌制作，不选用无菌工艺将导致缺少经过集菌仪无菌测验实现的无菌保障，这些无菌测验是制作无菌药物组件所必需的。
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