集菌仪主要应用于微生物学、生物医学、生物化学、动物试验、基因工程以及生物制品等研究使用的试验室总称为生物安全试验室，集菌仪一般由主体试验室和辅佐功用试验室组成。生物安全试验室确保人身安全、环境安全、废弃物安全和样本安全，能长时间而安全的运行，同时还为需要试验室工作人员提供一个舒适的工作环境。
微生物试验室规划，微生物试验室由预备室、灭菌室、无菌室、极限室、阳性对照室、恒温培育室和调查室组成。也依据详细试验需求配有样品室、洗刷室、血清学室、鉴定分析室及废物处理室等。这些房间的共同特点是地板和墙面的质地润滑坚硬，仪器和设备的陈设简洁，便于打扫卫生。㈠预备室(前处理室)
首要用于制造培育基和样品处理等。
配套设备：冰箱、电炉、药品柜/试剂柜、存放用具或资料的专柜、加热搅拌器、离心机等。
㈡洗刷室
预备室首要用于洗刷器皿等。
配套设备：加热器、蒸锅、洗刷器皿的用具、用具柜等。
㈢灭菌室
首要用于培育基的灭菌和各种用具器材的灭菌。
㈣阳性对照室
首要用于做阳性对照试验的接种、检测办法及培育基或其他试剂的适用性验证。
配套设备：生物安全柜、集菌仪/极限仪、过滤器、混合器
㈤培育室
应设有表里两间，內间为培育室、外室为缓冲室。房间容积不宜过大，以利于空气灭菌，闺阁面积在3.2*4.4左右，外室在3.2*1.8左右，为满意微生物对温度的需求，需安装恒温恒湿机，表里室均应在中心安装紫外线灯。
配套设备：培育架、摇床、各类培育箱
㈤调查室
首要用于对微生物的调查、计数和生理生化的测定。
依据试验需求普通试验室制造不同，一般均装备试验台、显微镜、试剂柜。
配套设备：高压蒸汽灭菌器、烘箱等灭菌设备。
㈥无菌室(接种室)
首要用于系统接种、纯化菌种等无菌操作的试验室。
根本建设：无菌室应设有表里两间，内间是无菌室外间室缓冲室集菌仪。房间容积不宜过大，以便于空气灭菌。小内间面积2*2.5，外间面积1*2，高以2.5m2以下为宜。
配套设备：高温灭菌炉、超声波清洗器、高压水枪、快速灭菌炉、生物安全柜。
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